O cérebro é um órgão fundamental e complexo, cujo estudo pode ser aprimorado pela definição nas imagens dos contornos das diferentes estruturas anatómicas da cabeça, para posterior processamento (segmentação). Inicialmente, os métodos aplicados baseavam-se na técnica de segmentação manual de imagens, continuando estes a evoluir para a automatização. Seguindo esta tendência, desenvolvemos um método semiautomático e aplicado na área da Medicina Veterinária. Dessa forma, o foco foi direcionado para acelerar o processo de segmentação, para diminuir a variabilidade manual interoperador e para auxiliar a análise avançada de dados anatómicos, com o intuito de desenvolver futuros métodos de diagnóstico auxiliados por computador. Para testar o método, foram realizadas aquisições de tomografia computadorizada do crânio em três cães, cujas imagens foram processadas e analisadas por um programa Java - SAEM, Imagej e 3DSlicer. Após a aplicação de diferentes técnicas de segmentação, o cérebro canino foi isolado de estruturas como osso e tecidos moles e, finalmente, cortes de tomografia computorizada (TC) foram usados para produzir uma reconstrução 3D. Para comparar os três métodos foi calculada a média de diferença entre os três métodos, normalizada à média de volume cerebral. Esta experiência oferece um método semiautomático para segmentação do cérebro usando imagens axiais de TC da cabeça. No entanto, algum ruído indesejado ainda permaneceu após a implementação da nossa abordagem.